Formé dans sa jeunesse par le peintre Devilly, il est admis à l’Ecole des beaux arts de paris, qu’il quitte sans se présenter au concours du prix de Rome. Il épouse Marthe Deloye, fille d’un général d’artillerie et sœur d’un de ses condisciples de l’école Alsacienne. Le couple partira en 1893 pour un long voyage de noces à travers l’Italie, retournant aux sources de l’art du Quatroccento.
En 1897, Auburtin étudie la faune et la flore sous-marine aux aquariums deBanyuls d’où il rapporte de nombreux croquis qui lui permettront de réaliser en 1898 Le Fond de la mer, grand décor destiné à l’amphithéâtre de zoologie de la Sorbonne.
Il séjourne dans les Iles d’Or et longtemps à Porquerolles, puis en Bretagne où il réalise des œuvres conservées au musée de Pont Aven. Puis il découvre la Corse, les sommets des Pyrénées, les nombreux lacs des Landes chez ses amis, le peintre Albert Besnard(1849-1934), et sa femme Charlotte.
En 1901, Jean Francis Auburtin a participé à la décoration du restaurant buffet de la gare de Lyon à Paris, en réalisant une œuvre appelée la Ville de Nice destinée à orner le vestibule. L’œuvre n’est pas localisée à ce jour et a peut-être fait partie des peintures remplacées en 1905, il demeure néanmoins une esquisse réalisée vers 1900 appartenant à une collection particulière qui était probablement celle réalisée pour le décor du buffet de la Gare de Lyon.
Auburtin découvre Varengeville en 1904. Il y achète un terrain en 1907 et demande à son frère, de lui construire une maison. Il se lie d’amitié avec Guillaume Mallet, créateur d’un domaine dans le village de Varengeville, déjà peint par Claude Monet qu’il rencontrera entre 1896 et 1897.Dans son atelier du quai Carnot à Saint Cloud, il reçoit son ami Auguste Rodin avec lequel il partageait quelques modèles. C’est dans cet atelier que son amie, la danseuse américaine Loïe Fuller, donnera en 1914 un spectacle avec sa troupe. Il réalise également de 1909 à 1920 des gouaches avec l’école de danse d’Isodora Ducan.
Jean Francis Auburtin est promu officier de la Légion d’honneur.
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